성미산학교는 초등(1-5학년), 중등(6-10학년), 포스트중등(11-12학년), 모두 세 개의 과정을 운영하고 있습니다. 초등은 초저(1-2학년), 초고(3-5학년)으로 나뉩니다. 이들 각 과정은 자기 특성을 명확하게 가지고 있으면서도 유기적으로 연결되어 있습니다.
초등 저학년(1-2학년)에서는 좋은 삶의 기초가 되는 좋은 생활 태도와 학습태도를 기르고, 생태적 인간으로 성장하기 위한 감수성을 키우는데 집중하며 놀이와 학습의 통합, 다양한 체험 활동을 기반으로 운영됩니다. 초등 고학년(3-5학년)에서는 프로젝트를 통하여 진로 설계, 자기주도학습 능력 기르기, 생태적 삶을 구성 하는 능력 기르기를 목표로 학습하며, 살림 프로젝트(밥 살림, 옷 살림, 집 살림)을 중심으로 수업을 진행 합니다.
중등(6-10학년)에서는 자치와 자율의 문화를 배우고 익히며, 학습을 기획하고 실천하는 능력을 기릅니다. 특히 생태적 삶 안에서 진로를 설계해보는 것이 중요한 목표입니다. 매학기 이동학습을 진행하고, 다양한 전환프로젝트를 통해 좋은 삶을 꾸리기 위한 다양한 실험과 실천을 해 봅니다.
포스트중등(11-12학년)에서는 진로에 대한 구체적 고민과 그것에 바탕을 둔 필드워크를 중심으로 동료들과 좋은 일을 만들며 좋은 삶을 꿈꾸는 구체적인 활동들을 해 나갑니다. 지적 성장을 위한 학습, 생태 철학을 바탕으로 한 삶의 비전을 세워가는 과정입니다.
교육 과정은 자기 길 찾기, 자기주도학습, 생태적 삶이라는 세 축을 중심으로 구성되지만 단계가 높아질수록 자기 선택과 책임의 비중이 높아지고 생태 학교로서의 색깔이 강하게 드러나는 특징이 있습니다.