성미산학교는 초등, 중등, 포스트중등- 세 과정으로 이루어집니다. 초등이 5년, 중등이 5년, 포스트중등 2년으로 보통 6-3-3학제와는 다르게 5-5-2로 구성됩니다. 각 단위별 핵심목표 및 중점 수업은 다음 표와 같습니다.

초등은 초저 1-2학년, 초고 3-5학년으로 나뉘는데, 초저는 숲놀이, 주제탐구, 연극놀이, 말과글, 수학, 손끝활동 등을 하고, 초고는 살림 프로젝트를 합니다. 살림 프로젝트는 옷-집-밥, 세 개의 살림이 있는데, 제목처럼 옷-집-밥과 관련된 학습과 직접활동을 통해 삶의 기본기를 배웁니다. 그 외에 주제탐구, 영어. 수학, 말과글. 자치회의, 음악 등의 수업도 합니다.

중등은 6~10학년들이 전환, 마을이라는 키워드로 프로젝트나 이동학습 등을 진행합니다. 프로젝트를 아주 중요하게 생각해서 시간표의 긴 시간에 배정되어 있고, 학생들은 관련된 주제에 대한 탐구와 직접 활동을 해 보면서 문제를 인식하고 고민하고 실천하고 해결하고 평가하는 과정을 경험합니다. 그 외에 시민사회나 말과글, 리듬 앤 무브(풍물, 만딩고, 펀이볼, 투투볼 등), 또 영어, 수학도 공부합니다.

포스트중등 11-12학년은 굿워크, 마을, 동료 키워드를 중심으로 삶, 진로 등을 고민하는 과정입니다.

굿워크 프로젝트나 필드워크(실제 '일'을 해 보는 경험), 수어, 작곡합창, 강독 수업을 합니다. 교실에서 이루어지는 수업도 있지만, 실제 일을 통해 일머리를 익히며 필요한 삶의 태도들을 익히는 시간들이 많습니다. 

성미산학교는 성미산학교만의 고유한 교육과정이 있고, 공교육에서 이루어지는 과정을 참고하되 성미산학교만의 방식으로 영어나 수학 수업도 진행합니다.